水環(huán)境監(jiān)測分析主要包括化學法、物理法和生物法三種方法。前兩種方法是環(huán)境監(jiān)測部門常用的方法?；瘜W方法有化學分析法和儀器分析法兩種?；瘜W分析法是基于物質的化學性質，適用于常數分析，設備簡單，準確度高，但操作耗時；儀器分析方法是基于物質的物理或物理性質。根據化學性質，使用特定儀器進行分析。常用的有比色分析、分光光度分析、原子吸收光譜、色譜分析、電位分析、極譜分析和質譜分析。這些方法適用于快速分析和微量分析，但設備昂貴，樣品制備復雜，無法進行現場分析。物理方法（如遙感技術）一般只能用于定性描述，必須與化學方法相結合，才能快速、大范圍地描述水體狀態(tài)。

生物法是根據生物體對環(huán)境的適應原理，通過測量水生生物的變化來間接判斷水質。較常用的方法有： 

1、指示生物法。指示生物是指生活在一定水環(huán)境中，當水環(huán)境質量發(fā)生變化時，會敏感地表現出損害甚至死亡的癥狀的生物。觀察和測量指示生物和種群的變化，可以更準確地判斷出環(huán)境質量狀況。

2、群落結構法。群落結構是指自然界中一定范圍（或區(qū)域）內存在的、相互依存的一定種類的動植物和微生物的組成。監(jiān)測這種水生生物群落結構的變化可以確定水質狀況。

3、生物試驗法。也就是說，水生生物被污染物毒害后，通過生理機能變化的癥狀來判斷水體污染狀況。

4. 殘毒測定法。生物體從環(huán)境中吸收各種污染物，通過體內遷移、轉化和再分配，以殘毒的形式在生物體內積累。生物體內的殘留毒物含量往往比周圍環(huán)境中相應的含量高出許多倍。生物體內殘留毒物含量的測定可以確定水污染的狀況。

近20年來，我們結合了一些常規(guī)的水質監(jiān)測和環(huán)境影響評價現狀監(jiān)測，在珠江三角洲出?？陂T、山區(qū)水庫、三角洲河網、伶仃洋等水域，開展與水質監(jiān)測同步的生物監(jiān)測、魚類調查和蠔業(yè)產量調查。利用生物群落結構、生物多樣性指數和水質指示生物的特征，總結出適合珠三角地區(qū)生物監(jiān)測評價水污染程度的方法。我們還合理運用各種新的分析儀器和技術，形成了對水環(huán)境相關的水生動物、水生植物、底棲動物、著生生物、生物體殘留毒物的監(jiān)測分析能力，積累了很多經驗和有價值的信息。

同時，我們也關注到，國內很多學者在利用生物方法監(jiān)測水環(huán)境方面做了很多嘗試。例如黃河蘭州段：底棲動物種群分布和變異及其相關化學指標與水文特征的關系，總結了水生生物的生長和衰退，并對黃河蘭州段進行了水質的生物學評價；蘇州河：著生生物群落結構生態(tài)變化與水質的關系；黃浦江：著生藻類群落在水質監(jiān)測中的應用，利用著生生物群落動態(tài)變化監(jiān)測水質的研究等。愿與世界各國同仁交流，將生態(tài)學理論與環(huán)境監(jiān)測技術緊密結合篩選出適合當地水域的指示生物和群落生物指標，建立生態(tài)監(jiān)測指標體系，使水質監(jiān)測手段更加完善。